Dall'inizio dell'emergenza sanitaria COVID-19, Interporto Bologna ha messo in atto tutti i DPCM emessi dal Governo e, in ultima istanza, quello del 22 marzo 2020, riguardante le ulteriori restrizioni imposte dal Governo per fermare la diffusione del coronavirus, che ha comportato la conseguente chiusura di parte delle attività produttive nazionali.

L'Interporto di Bologna rimane aperto e con lui Interporto Bologna SpA che lo gestisce, in quanto la sua attività è contemplata da tale Decreto. La Società si impegna a fare da collettore delle comunicazioni relative al settore dei trasporti e della logistica diffondendole presso le aziende insediate ed è stata coinvolta dal Prefetto di Bologna nella creazione di un "help desk" di supporto alle aziende.

Interporto Bologna lavora costantemente per mantenere i servizi essenziali nell'infrastruttura: l'ufficio facility management funziona a pieno regime, con un occhio particolare per la sanificazione di ambienti e strade, i terminal ferroviari continuano a smistare merce in arrivo e in partenza, l'officina manutenzione carri ferroviari è operativa, sono attivi servizi di ristorazione con consegna a domicilio ed il distributore carburanti in modalità self, così come sono tutti funzionanti i servizi igienici per i camionisti, la navetta, i servizi condomoniali e la sorveglianza.

A livello camionistico i dati di traffico nella settimana dal 16 al 22 marzo (rispetto a quella dal 9 al 15) hanno mostrano un calo del 19%.
L’aggiornamento a lunedì 23 risulta in linea con la media giornaliera della settimana precedente. All’interporto di Bologna, infatti, continuano a transitare circa 4.400 camion al giorno.
Meglio il comparto ferroviario che sembra maggiormente in ripresa. Nella giornata di lunedì 23, rispetto allo scorso lunedì, i tiri gru registrati nei terminal sono stati prevalentemente stazionari (-1,8%).